Sinh ra tại Madrid, Santiago Segura bắt đầu sự nghiệp của mình bằng cách tạo ra bộ phim ngắn đầu tiên của mình khi mới 14 tuổi. Sau khi học nghệ thuật tại Madrid, cuối cùng anh quyết định trở thành một nhà làm phim. Bộ phim ngắn đầu tiên của anh, Relatos de la medianoche (1989), được sản xuất với kinh phí chỉ 7.000 pts (khoảng 60 đô la). Sau đó, anh đã xuất hiện như một thí sinh trong một số chương trình trò chơi truyền hình Tây Ban Nha, chẳng hạn như Locos por la tele (1990) và No te rías, que es peor (1990). Với số tiền anh kiếm được từ những lần xuất hiện đó, anh đã đạo diễn Evilio (1992) và không lâu sau đó, Perturbado (1993), giành được một giải Goya cho phim ngắn hay nhất vào năm 1994. Bộ phim ngắn cuối cùng của anh là phần tiếp theo Evilio vuelve (El purificador) (1994). Anh là một người bạn rất thân của đạo diễn Tây Ban Nha Álex de la Iglesia và đã xuất hiện trong tất cả các bộ phim của ông. Vào năm 1998, anh đã đạo diễn bộ phim đầu tiên của mình, đó là bộ phim thành công rực rỡ Torrente, el brazo tonto de la ley (1998).